24. augusta 2006 sa stal asistentom reprezentačného trénera Júliusa Šuplera. V tom istom roku 11. decembra bol vymenovaný za hlavného trénera Slovana Bratislava. S týmto klubom získal vo svojej prvej sezóne na poste trénera titul. Bol prvým extraligovým trénerom, ktorý zaviedol jednofázové tréningy. Podľa neho hráči potrebujú väčší priestor na oddych a individuálnu prípravu. Ako asistent Júliusa Šuplera pôsobil aj v Rusku na svetovom šampionáte 2007 (spolu s Miroslavom Mikošovičom). Kvôli klubovým povinnostiam v Slovane ho pred sezónou 2007/08 nahradil na mieste asistenta reprezentácie Peter Oremus. V sezóne 2007/08 sa stretol Slovan vo finále s Košicami. Viedol už 3:0 na zápasy, no Košice stačili stav dotiahnuť a vyrovnať 3:3 na zápasy. Cíger po šiestom zápase napadol slovne rozhodcov v priamom prenose STV. Rozhodujúci zápas v Bratislave však Slovan vyhradl 3:2. Cíger sa tak stal prvým trénerom v extralige, ktorý obhájil majstrovský titul. Po tomto skvelom úspechu sa dohodol s vedením na predĺžení zmluvy o ďalší rok. 26. októbra 2008 sa však stal osudným dňom. Cíger pre neúspechy Slovana rezignoval z postu hlavného trénera. Dočasne ho nahradil jeho asistnent Róbert Pukalovič.